О ПРЕНАТАЛЬНЫХ ТЕСТАХ (о тестах при беременности)
Non-invasive prenatal testing (NIPT) – проверка эмбриональной ДНК в материнской крови
1) Прелюдия: давным-давно обнаружилось, что в крови беременной женщины можно найти клетки будущего младенца. Мало того – эти клетки могут продолжать плавать годами после окончания беременности. Поскольку клеток плавает феерически мало, и нет никакой возможности отличить клетки текущей беременности от всех предыдущих, дело зашло в тупик. Пока в 1997 не обнаружили, что помимо целых клеток в материнской крови плавает свободная эмбриональная ДНК (примечание – действительный источник этой ДНК не эмбрион, а плацента). Собственная ДНК матери тоже плавает, и ее даже намного больше, но около 2-6% составляет именно эмбриональная. Мало того – в отличие от клеток, уровень эмбриональной ДНК резко падает с окончанием беременности, следовательно, предыдущие беременности не могут повлиять на проверки.
2) Как это происходит: из крови матери выделяют свободную ДНК (cell-free DNA, cf-DNA), и, используя разнообразные методы, различают материнскую и эмбриональную ДНК, а потом исследуют эмбриональную ДНК на предмет аномалий. Сразу оговорюсь, что далеко не все баги проверяют этим тестом. Для генетического чипа, например, эта проверка не подходит.
3) Что проверяет тест: в основном тест используется для обнаружения трисомий – т.е. лишних хромосом: синдром Дауна (трисомия 21-й), Эдвардса (18-й) и Патау (13-й). Тестирование аномального количества половых хромосом Х и У тоже проводится, но клинических исследований эффективности теста по этим аномалиям намного меньше. В более мелкие отклонения я даже не буду лезть.
4) Возможные ответы:
- положительный (нашли гадость),
- отрицательный (не нашли гадости),
- тест провален (технический баг).
Возможные результаты:
тест может быть
- true positive (верный положительный ответ – нашли аномалию и она действительно есть у эмбриона), true negative (аномалий не нашли ни в тесте ни в эмбрионе),
- false positive (тест показал аномалию, но эмбрион нормален),
- false negative (тест не нашел существующую в эмбрионе аномалию).
Внимание! Речь о результатах, а не об ответе пациенту. Пациент получает либо положительный, либо отрицательный ответ, а ошибки выявляются уже потом.
5) Эффективность. Клинических исследований довольно много, но часть страдает перекосами по разным причинам. Из всех я взяла одну с мета-анализом (т.е. ученые прочесали все клинические исследования, отсеяли те, что с перекосом, и вывели статистику оставшихся) и одно ,более позднее клиническое исследование, по количеству тестов намного превосходящее все предыдущие.
Начнем обзор и заодно подумаем, на какие данные нам стоит обращать внимание.
a. Клиническое исследование: 146958 тестов на трисомии 21-й, 18-й и 13-й хромосом. Из них для статистики взяли только те, где точность результата NIPT можно было проверить – т.е. либо был сделан амниоцентез (проверка околоплодных вод) либо имелся родившийся младенец. Таких оказалось 112669. Результаты: из 1066 позитивных тестов 157 штук - false positive. Т.е. 15% (157\1066) положительных результатов оказались ошибочными. Из 111603 отрицательных 9 были false negative, т.е. 0.008% отрицательных ответов были ошибочными. Что это значит? Это значит, что вероятность засечь аномалию довольно высока (пропустили" только" 9 случаев из 112669 проверок, это намного меньше процента). С ошибочными положительными ответами (около 0.14% от общего числа проверок) немного хуже, но поскольку все положительные результаты строем идут на подтверждение диагностикой (пункция околоплодных вод), то это выглядит не так страшно. Вместе с тем, следует учитывать, что маленький, но не нулевой процент амниоцентезов приводит к выкидышам, а без положительных результатов NIPT большинство женщин на проверку околоплодных вод не пошли бы.
b. Мета-анализ: после отсева осталось 37 исследований. Общий вывод: шансы засечь трисомию 21-й хромосомы (синдром Дауна) выше остальных (99.2%), трисомию 18-й - 96.3%, 13-й – 91%, моносомию Х (синдром Тёрнера) – 90.3%, и 93% для остальных багов с половыми хромосомами.
c. Откуда берутся ошибочные результаты? Помимо технических накладок, которые я не имею возможности оценить, есть несколько естественных причин:
- i. В отличие от околоплодных вод, в которых плавают клетки младенца, источником cf-DNA в материнской крови является плацента. И плацента, и младенец формируются из одного комка клеток, но разграничение какой клетке что образовывать происходит на довольно раннем этапе. Потом все клетки продолжают расти, делиться и формировать каждая свое. Иногда в процессе деления происходят ошибки и хромосомы разбегаются по дочерним клеткам неправильно. Если такая фигня приключается в плацентарных клетках, то мы вполне можем получить ошибочный позитивный результат. Если же такое произошло в клетках младенца, возможен ошибочный негативный результат. Обычно речь идет о так называемом мозаицизме – феномене, при котором клетки одного организма (или плаценты) имеют разную генетическую картину – часть нормальную, часть – аномальную.
- ii. Аномалии материнского генома и\или мозаицизм матери
- iii. Рассосавшийся близнец
- iv. Злокачественная опухоль у матери – причем иногда об опухоли узнают из подобного пренатального теста.
Проверка не является диагностической, а предлагается скорее как screening, хотя и с довольно высокой точностью. Положительный результат требует подтверждения диагностической проверкой (околоплодных вод).
Отрицательный результат не является 100% гарантией отсутствия проверяемых отклонений.
UPD: уточнение относительно ошибочных отрицательных результатов в первом клиническом исследовании. 9 случаев из сотни тысяч проверок это действительно мизер. Но 9 неотловленных аномалий из тысячи реальных аномалий в той группе - это опять таки около процента. Т.е. как на это не смотри шанс поймать реальную имеющуюся трисомию крутится где-то около 99%, и это, видимо, предел.(с) виа
1) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9274585
2) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=17464580
3) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26938150
4) http://www.nature.com/gim/journal/v16/n8/full/gim20143a.html
5) http://humrep.oxfordjournals.org/content/19/3/723.full
6) https://www-ncbi-nlm-nih-gov.rproxy.tau.ac.il/pubmed/…
7) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=25598039
Journal information
1. Граждане что делают вебинары, чем вы их делаете? в смысле программ? Возможно придется работу по обучению переводить именно в это формат, если затянется.…