dok_zlo (dok_zlo) wrote,
dok_zlo
dok_zlo

Categories:

NIPT



О ПРЕНАТАЛЬНЫХ ТЕСТАХ (о тестах при беременности)

Non-invasive prenatal testing (NIPT) – проверка эмбриональной ДНК в материнской крови


1) Прелюдия: давным-давно обнаружилось, что в крови беременной женщины можно найти клетки будущего младенца. Мало того – эти клетки могут продолжать плавать годами после окончания беременности. Поскольку клеток плавает феерически мало, и нет никакой возможности отличить клетки текущей беременности от всех предыдущих, дело зашло в тупик. Пока в 1997 не обнаружили, что помимо целых клеток в материнской крови плавает свободная эмбриональная ДНК (примечание – действительный источник этой ДНК не эмбрион, а плацента). Собственная ДНК матери тоже плавает, и ее даже намного больше, но около 2-6% составляет именно эмбриональная. Мало того – в отличие от клеток, уровень эмбриональной ДНК резко падает с окончанием беременности, следовательно, предыдущие беременности не могут повлиять на проверки.

2) Как это происходит: из крови матери выделяют свободную ДНК (cell-free DNA, cf-DNA), и, используя разнообразные методы, различают материнскую и эмбриональную ДНК, а потом исследуют эмбриональную ДНК на предмет аномалий. Сразу оговорюсь, что далеко не все баги проверяют этим тестом. Для генетического чипа, например, эта проверка не подходит.

3) Что проверяет тест: в основном тест используется для обнаружения трисомий – т.е. лишних хромосом: синдром Дауна (трисомия 21-й), Эдвардса (18-й) и Патау (13-й). Тестирование аномального количества половых хромосом Х и У тоже проводится, но клинических исследований эффективности теста по этим аномалиям намного меньше. В более мелкие отклонения я даже не буду лезть.

4) Возможные ответы:

  • положительный (нашли гадость),

  • отрицательный (не нашли гадости),

  • тест провален (технический баг).



Возможные результаты:
тест может быть

  • true positive (верный положительный ответ – нашли аномалию и она действительно есть у эмбриона), true negative (аномалий не нашли ни в тесте ни в эмбрионе),

  • false positive (тест показал аномалию, но эмбрион нормален),

  • false negative (тест не нашел существующую в эмбрионе аномалию).



Внимание! Речь о результатах, а не об ответе пациенту. Пациент получает либо положительный, либо отрицательный ответ, а ошибки выявляются уже потом.

5) Эффективность. Клинических исследований довольно много, но часть страдает перекосами по разным причинам. Из всех я взяла одну с мета-анализом (т.е. ученые прочесали все клинические исследования, отсеяли те, что с перекосом, и вывели статистику оставшихся) и одно ,более позднее клиническое исследование, по количеству тестов намного превосходящее все предыдущие.

Начнем обзор и заодно подумаем, на какие данные нам стоит обращать внимание.

a. Клиническое исследование: 146958 тестов на трисомии 21-й, 18-й и 13-й хромосом. Из них для статистики взяли только те, где точность результата NIPT можно было проверить – т.е. либо был сделан амниоцентез (проверка околоплодных вод) либо имелся родившийся младенец. Таких оказалось 112669. Результаты: из 1066 позитивных тестов 157 штук - false positive. Т.е. 15% (157\1066) положительных результатов оказались ошибочными. Из 111603 отрицательных 9 были false negative, т.е. 0.008% отрицательных ответов были ошибочными. Что это значит? Это значит, что вероятность засечь аномалию довольно высока (пропустили" только" 9 случаев из 112669 проверок, это намного меньше процента). С ошибочными положительными ответами (около 0.14% от общего числа проверок) немного хуже, но поскольку все положительные результаты строем идут на подтверждение диагностикой (пункция околоплодных вод), то это выглядит не так страшно. Вместе с тем, следует учитывать, что маленький, но не нулевой процент амниоцентезов приводит к выкидышам, а без положительных результатов NIPT большинство женщин на проверку околоплодных вод не пошли бы.

b. Мета-анализ: после отсева осталось 37 исследований. Общий вывод: шансы засечь трисомию 21-й хромосомы (синдром Дауна) выше остальных (99.2%), трисомию 18-й - 96.3%, 13-й – 91%, моносомию Х (синдром Тёрнера) – 90.3%, и 93% для остальных багов с половыми хромосомами.

c. Откуда берутся ошибочные результаты? Помимо технических накладок, которые я не имею возможности оценить, есть несколько естественных причин:

  • i. В отличие от околоплодных вод, в которых плавают клетки младенца, источником cf-DNA в материнской крови является плацента. И плацента, и младенец формируются из одного комка клеток, но разграничение какой клетке что образовывать происходит на довольно раннем этапе. Потом все клетки продолжают расти, делиться и формировать каждая свое. Иногда в процессе деления происходят ошибки и хромосомы разбегаются по дочерним клеткам неправильно. Если такая фигня приключается в плацентарных клетках, то мы вполне можем получить ошибочный позитивный результат. Если же такое произошло в клетках младенца, возможен ошибочный негативный результат. Обычно речь идет о так называемом мозаицизме – феномене, при котором клетки одного организма (или плаценты) имеют разную генетическую картину – часть нормальную, часть – аномальную.

  • ii. Аномалии материнского генома и\или мозаицизм матери

  • iii. Рассосавшийся близнец

  • iv. Злокачественная опухоль у матери – причем иногда об опухоли узнают из подобного пренатального теста.


Проверка не является диагностической, а предлагается скорее как screening, хотя и с довольно высокой точностью. Положительный результат требует подтверждения диагностической проверкой (околоплодных вод).

Отрицательный результат не является 100% гарантией отсутствия проверяемых отклонений.

UPD: уточнение относительно ошибочных отрицательных результатов в первом клиническом исследовании. 9 случаев из сотни тысяч проверок это действительно мизер. Но 9 неотловленных аномалий из тысячи реальных аномалий в той группе - это опять таки около процента. Т.е. как на это не смотри шанс поймать реальную имеющуюся трисомию крутится где-то около 99%, и это, видимо, предел.(с) виа valkiriarf

1) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9274585

2) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=17464580

3) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26938150

4) http://www.nature.com/gim/journal/v16/n8/full/gim20143a.html

5) http://humrep.oxfordjournals.org/content/19/3/723.full

6) https://www-ncbi-nlm-nih-gov.rproxy.tau.ac.il/pubmed/…

7) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=25598039
Tags: записки ложечкой Фолькмана
Subscribe

Recent Posts from This Journal

  • Covid 2019.

    1. 06.04.2020 Тыц 2. с фронта Тыц 3. ограничения Тыц 4. На передовой Тыц 5. Поражения мозга Тыц…

  • Вопрос про витамин D.

    Я уже долгое время являюсь противником потребления аптечных витаминов людьми без гипоавтаминоза. Люди не голодающие (соблюдающие определенные…

  • Карантин по паспорту.

    У нас теперь нельзя выходить из дому без документов и масок. А как потом паспорт спиртом обливать?Расплывется же всё. Ограничения все страньше и…

  • Тщательно отобранные

    1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10.

  • Ссылки

    1. Итоги Тыц 2. Ремортатор. Тыц 3. Водное Тыц 4. Листер Тыц 5. SciNat Тыц 6. Верходанов Тыц…

  • Итоги

    Неделя стартовала с эпичного заседания зРады в масках. некоторые особо упоротые особи, вместо того что бы отдать в больницы, понацепляли на…

  • Постриг бороду.

    Сам. Ножницвми. И не спрашивайте...сбрить нельзя, с завтрашнего дня - полицейский режим, а на всех документах я в бороде.

  • Covid 2019.

    1. Наружа 2. 04.04.2020 Тыц 3. 05.04.2020 Тыц 4. Правильно Тыц 5. РБ Тыц 6. при…

  • Родина

    Нашел в ю-тубе пару роликов о "малой родине" Родина плюс Родина минус Итог В обоих случаях комментаторы несколько єєєє...…

promo dok_zlo march 19, 16:00 30
Buy for 100 tokens
Поскольку сижу дома без работы, на карантине - назревает фин кризис в отдельно взятом мну. Оттого имею спросить два вопроса. 1. Граждане что делают вебинары, чем вы их делаете? в смысле программ? Возможно придется работу по обучению переводить именно в это формат, если затянется.
  • Post a new comment

    Error

    default userpic

    Your reply will be screened

    Your IP address will be recorded 

    When you submit the form an invisible reCAPTCHA check will be performed.
    You must follow the Privacy Policy and Google Terms of use.
  • 0 comments